Anders als lebende Bakterien- oder Hefekulturen sind MOS lediglich Zellbestandteile. MOS zählen von daher zu den Präbiotika und nicht zu den Probiotika, da diese Oligosaccharide lediglich Substrat für gutartige Darmbakterien bilden. MOS können den Dünndarm größtenteils unverdaut durchqueren und so den Bakterienreichen Dickdarm erreichen. Sie werden von den dortigen Bakterien als Nährstoff genutzt und wirken positiv auf das Wachstum der "Guten Bakterien".
Die Förderung des Wachstums guter Bakterien ist vor allem bei Störungen des Mikrobioms wichtig. Eine solche Störung kann bei Durchfall, Kotwasser, Antibiotika-Gaben, Futterumstellungen oder Stress entstehen.
Über die präbiotische Wirkung hinaus wird diskutiert ob MOS zudem die Immunabwehr des Darms verbessern können, vor allem die unspezifische Abwehr. Dadurch könnte auch das gesamte Immunsystem des Tieres positiv beeinflusst werden. Da zudem keine Nebenwirkungen bekannt sind kann die Zufütterung von MOS bei nahezu allen Darmproblemen empfohlen werden.
